近年來，因人為濫捕及環境污染的影響，海域生態遭到破壞，根據潛水人員的觀察，發現東部沿岸海域與海葵共生，色澤鮮豔的小丑魚數量銳減，主要原因是觀賞魚市場的需要量大增，人為捕捉增加所致。農委會水產試驗所有鑑於此，投入人力積極推動相關研究，目前已成功繁殖鞍斑小丑魚及粉紅小丑魚。因繁殖的小丑魚比野生者更能適應人為的環境與食物，將其供應觀賞魚市場，相信可大大減少天然海域小丑魚被撈捕的危機，可為生態保育盡一份心力。

　　以粉紅小丑魚為例，它一個月可產卵二次，如果環境條件合適的話，更可以終年不間斷地產卵，每次產卵量約在300至600百粒。受精卵在水溫26~27℃下，約七天後會孵化，如果水溫提高至29~30℃，約六天小魚就可孵出。在受精卵孵化的期間中，雌雄親魚會輪流守護，並不時用胸鰭搧動水流，使溶氧量充足；同時會用嘴啄除已經白化死掉的卵粒，使卵不受細菌感染；不論是白天，或是夜晚，這個動作都是持續在進行，而且是一直到小魚孵出為止，小丑魚這種「護子心切」的行為，在魚類世界中是相當罕見的。如果要以人工方式來孵卵，則需用小型沉水馬達抽水來搧動水流，才能使受精卵順利孵化。依據觀察，在預估子魚即將孵出的當天，約在天色完全黑暗後10分鐘，小魚開始孵出，約一個小時內，所有受精卵會完全孵化。在此孵出的期間，若中途將燈光打開，孵化會被迫中止，其後再將燈光熄滅，孵化又會繼續進行。利用此一特性，以燈光調控的方式可使子魚延遲或提早孵出。受精卵必須在黑暗中才能順利孵化，一有光線就無法產出子魚，所以小魚必須在夜間孵化。在夜間孵出的小魚，在白天即可以藻類及輪蟲等細小的浮游生物投餵；約10天後，改以細小的橈腳類浮游生物，約一個月左右，便可完全長成與親魚同樣的體型、體色與斑紋。

　　小丑魚究竟何時，才能和海葵共生呢？根據實驗觀察，小魚剛開始是在水中游動，大概十多天左右，逐漸變成底棲性，且開始轉變為親魚的體色；這時，小魚就可以自由進出海葵，並和海葵展開親蜜的共生生活，而體色未轉變的小魚，就會遭到海葵無情的攻擊。在小丑魚的世界裏，還有一個有趣的現象，那就是「性轉變」，例如在一個小丑魚的群聚中，具生殖能力的雌魚和雄魚只能有一對，並且雌魚體型明顯大於雄魚，其餘的則是尚未具生殖力的雄魚；倘若唯一的雌魚死去，原具有生殖能力的雄魚就會性轉變成雌魚，並由眾多未具生殖能力的雄魚當中，較優勢者遞補成具生殖能力的雄魚。該中心在進行粉紅小丑魚復育研究時，在八尾粉紅小丑魚自然配對的過程中，最後只剩三尾雄魚存活，而其中一尾雄魚就性轉變成雌魚，並且開始產卵繁殖，所以如果要繁殖小丑魚，在挑選種魚時，應選擇一大、一小兩尾成魚，較易配對成功。