短鲷自配对产卵之后，其受精卵可以有两种孵化方式：其一就是可以由自然的方式--由雌鱼自行看护、孵化；直至幼鱼育成；其二则是以完全人工的方式孵化。

　　在第一种孵化方式中，由雌鱼自行照顾的鱼卵数量会随着时间而渐渐减少，猜测是可能是护卵的过程中一些未受精卵被吃掉的同时，一些正常卵也被误吃所造成的，当然一些母性不好的雌鱼也有吃卵的行为。但是，以雌鱼自行护卵而育成的仔鱼可以发现畸形率极低，但是相对的育成率也是极低，不过起码成长后的幼鱼不会有畸形的缺陷产生或能够有效地降低这种因素的产生。

　　而所谓的人工孵化的方式就是通常从产完卵后或者直到雌鱼照顾鱼卵孵化之后再取出繁殖瓮及仔鱼，这两种方式都可以。但是如果雌鱼的母性不好就会有吃卵的现象，在这种情况下一般是在产卵结束以后就将受精卵附着的繁殖瓮取出进行人工孵化，以避免雌鱼吞食鱼卵的情况产生。

　　大多数人工孵化的方式都是以小烧杯或者容量较小的小型水族箱为主，不一定必须用原产卵缸的水，只要去氯后的水皆可。孵化过程中，水温及水质pH值都有可能影响到仔鱼的性别，这也是一般采用人工孵化方式的短鲷爱好者会获得高比例同性别短鲷后代的原因。在人工孵化的过程中，过量使用防止鱼卵发霉的药剂是造成幼鱼乱鳞及鳍条畸形的主要原因之一，所以必须注意控制用药剂量。