苗种选育应尽早开始，一般是在苗种长到20~30日龄前后。尾鳍已经具备成鱼形态时开始进行第一次选育。筛选的方法是将鱼苗放在白色搪瓷盘内逐尾挑选。此后随着鱼苗的生长在可以逐渐分辨体形、鳍形、体色的饲育过程中，按照期待的选育目标再进行4次筛选。最后存留下来的优良苗种，只有鱼苗总数的20％左右，约80％的鱼苗被陆续淘汰出局。剔出的鱼苗，可以按照优劣作为一般的观赏鱼另池饲育，分批上市售出。

　　不同品种的金鱼筛选的难度不同，筛选的依据也不一样。筛选的主要依据是鳍形、体形和体色。

　　第一次筛选：第一次筛选主要是选出尾鳍形状具备这一种金鱼特征的鱼苗。多数种类的金鱼在第一次筛选时要淘汰鲫鱼形单叶尾，保留尾叶分开的鱼苗。而彗星、朱文金等以单叶尾鳍见长的品种，第一次筛选时要保留卿鱼尾，剔除尾叶分开的个体。第一次筛选一般要剔除鱼苗总数的20％~30％。

　　第二次筛选：第一次筛选后第10天前后进行第二次筛选。这次筛选的依据是尾鳍的形状。除以单叶形尾见长的种类外，其他种金鱼的尾大体可以分为以下几种。

　　三叶尾，尾鳍分开成二叶。樱花尾，即三叶尾中间一叶的尖端形成一凹痕，状如樱花瓣。四叶尾，即三叶尾中间的一叶，从尖端到基部大部分分开，状如四片尾叶。以上三种尾形一般都被看做是上品尾形。

　　大开叉三叶尾，即三片尾叶之间的开叉过大，不是标准的三叶尾。这种尾被看做是中品尾形。

　　小开叉三叶尾，即三片尾叶之间的开叉过小，尾叶好像没伸展开，这种尾被看成是下品尾形。

　　左右尾叶不对称、尾形歪曲、尾叶不正、尾叶缺陷的均为品外不良尾开多。

　　第二次筛选就是选取出上品尾和中品尾，剔除下品尾和品外不良尾形，剔除率为鱼苗总数的20％~30％。经二次筛选后存留下来的只有总数的50％左右。

　　第三次筛选：第二次筛选后10天，选留的鱼苗中少数体长已达3.5厘米左右。这次筛选，对无背鳍的品种特别严格，筛选的标准是背部的形态是否端庄大方，是否匀和；光滑。数千尾无背鳍鱼中，常常只能选出数尾上品鱼。

　　第四次筛选：10天之后，又要进行第四次筛选。这时的鱼苗更大了，体形好、坏，各鳍是否匀称、尾鳍各叶的舒展程度等都可一目了然。可以较方便地按照筛选目标选留出优良鱼苗。透明鳞类的鱼，可根据其体色的优劣进行选留。这次筛选一般是剔除15％左右，选留下来的约占总鱼苗数的20％~30％。

　　第五次筛选：上一次筛选后第20天前后，鱼苗的体色已经完美地呈现出来。可以首先剔除呈鲫鱼体色和白色的个体。其他鱼苗都开始呈现该品种特有的体色，要将其中将要发生体色消褪的鱼苗剔除。选留那些体色好、颜色搭配协调文雅的个体。要特别注意观察游泳时和静止时尾鳍展示出的形态是否匀称，尾鳍舒展形态是否完美无瑕、落落大方。此次筛选后，留下来的优良鱼苗约为第一次筛选前鱼苗数量的200%。经5次筛选后，选留出的鱼苗基本都是上品鱼，精心培育就会发育成具有很高观赏价值和经济价值的优秀金鱼。