除了规律性的换水外，我们不能没有一套设计精良的过滤设备。它必须执行以下三种功能:

　　1.将水面上的浮游物移走。

　　2.它必须含有过滤材质（即过滤棉），细菌可以附着在上面，过滤器因而又具有另一项生物性功能。在水族箱中，我们发现大量的细菌，随时准备将来自鱼、水草及残留食物的废物消耗或处理掉。它们支持了水族箱的系统，同时又是维护鱼只健康的重要因素，仅次于局部换水。

　　3.提供水族箱中水的流动或循环功能。许多鱼类喜欢水的流动或轻缓的水流，水流可补充水族箱中氧气的供应。不过，循环系统的水流不能太强而让水中气泡快速地溢出过滤网。它应该是一种连续而沉静的流动，原因是:气泡的流动会同时逐出二氧化碳，而二氧化碳却是维持植物生命的碳类供应所必需的。

　　一船含过滤棉的小型过滤器，都可以选择。不过，所有含过滤棉的过滤匣，需要经常的清洗（最好是换水时一起处理），因为它很容易堵塞住。

　　堵塞时，过滤器操作时会有耗氧现象而无法达成执行水循环的功能。清洗过滤棉时，只能用温水，而且不能完全洗净或冲洗，以免破坏附着在上面的细菌。